到2007年底，全区已建立了湿地自然保护区49个，其中国家级7个，自治区（省级）级16个，盟（市）、旗（县）级26个，面积为276万公顷，占全区湿地面积的65％。2002年2月，内蒙古鄂尔多斯遗鸥国家级自然保护区、内蒙古达赉湖国家级自然保护区列入国际重要湿地。

我区已经于2007年5月颁布了《内蒙古自治区湿地保护条例》，为依法保护湿地奠定了法律基础。

1995—2001年，开展了首次全区湿地资源调查工作，查清了我区湿地资源分布状况，包括河流湿地、河流湿地、沼泽和沼泽化草甸湿地、库唐湿地分布面积，湿地植物资源、动物资源、水资源、土地资源、矿物资源，以及种类、数量、分布、优势种或特有物种、利用状况、水文状况、河湖水库等，为今后的湿地保护管理工作的发展提供了科学的依据。2001年开始实施了内蒙古乌梁素海湿地生态保护示范工程，通过该工程的实施，得到了综合治理湖泊富营养化和延缓沼泽化的科学依据和措施，也使疣鼻天鹅等其它水禽在乌梁素海的繁殖和迁徙数量逐年增加，并为全国其他同类型的湖泊湿地的生态保护治理提供了科学的依据和措施。

以《世界湿地日》为主题，与中央电视台、内蒙古电视台、内蒙古日报等宣传单位合作，开展了各种主题和形式的湿地保护河管理宣传活动，使社会熟悉和认识湿地。中央电视台《人与自然》栏目组拍摄和播放了《鄂尔多斯高原上的——遗鸥》，为内蒙古鄂尔多斯遗鸥国家级自然保护区的建立和国际重要湿地的建立起到了很好的宣传作用。在《中国绿色时报》刊登了内蒙古湿地专题专刊宣传，刊登了内蒙古自治区林业厅关于“加大湿地保护管理力度，促进经济社会持续发展”的文章，还刊登了内蒙古达赉湖国家级自然保护区“达赉湖：CMR交响曲”、内蒙古鄂尔多斯遗鸥国家级自然保护区 “鄂尔多斯：遗鸥保护，多方巨变”，内蒙古乌梁素海湿地水禽自然保护区“以新思维拯救乌梁素海”等文章和相关图片。

1994年，内蒙古达赉湖国家级自然保护区与俄罗斯联邦和蒙古国建立了达乌尔国际自然保护区，为我国国际间合作开展自然保护区工作开了先河。2002年，内蒙古乌梁素海湿地水禽自然保护区参加了挪威、瑞典在乌梁素海开展的水体富营养化综合治理项目，吸收了国际上的治理先进经验。2003年，内蒙古科尔沁国家级自然保护区列入了国家林业局GEF白鹤项目区，积极探索在保护白鹤栖息地和湿地水资源共管的保护途径。