1、湿地鸟类，内蒙古湿地鸟类共计228种，隶属18目46科。在湿地鸟类中，夏候鸟和旅鸟为湿地鸟类的主要组成部分，其中：夏候鸟191种，占湿地鸟类种数的66％；旅鸟48种，占湿地鸟类种数的17％；留鸟45种，占湿地鸟类种数的16％；冬候鸟4种，占湿地鸟类种数的1％。在湿地鸟类种类比例上，鸭科有33种，占全国46种的77.7％。鹬科26种，占全国38种的68.4％。鸥科16种，占全国32种的50％。在隼形目中与湿地生存关系密切的有28种。在鸡形目中有湿地鸟类7种，如黑嘴松鸡和花尾榛鸡夏季常栖息河流两岸或沼泽地周围，取食浆果类。在雀形目中有湿地鸟类98种，如鹡鸰科的黄鹡鸰、灰鹡鸰、田鹨、水鹨和鹟科的大苇莺、稻田苇莺等常栖息湖泊、沼泽边缘和湿地的挺水植物内。

在湿地鸟类中属国家重点保护鸟类有31种，约有15000只。其中国家Ⅰ级保护鸟类11种，分别是白鹳、黑鹳、东方白鹳、中华秋沙鸭、白鹤、白头鹤、丹顶鹤、虎头海雕、玉带海雕、大鸨和遗鸥；国家Ⅱ级保护鸟类20种，分别是赤颈鸊鷉、角鸊鷉、黄嘴白鹭、斑嘴鹈鹕、白琵鹭、黑脸琵鹭、白鹮、白额雁、大天鹅、小天鹅、疣鼻天鹅、鸳鸯、白尾鹞、鹊鹞、白头鹞、白枕鹤、蓑羽鹤、灰鹤、小杓鷸、小鸥等。迁徙是鸟类的重要习性，内蒙古湿地鸟类中候鸟也占有相当大的比例。其中属于 “中日候鸟保护协定”的有134种，其中鹭科6种、鸭科24种、鹬科23种、鸥科6种、鹡鸰科7种、燕科4种、鹟科12种、雀科13种。属于“中澳候鸟保护协定”的45种。内蒙古湿地鸟类有许多濒危种，其中属于《濒危野生动、植物物种国际贸易公约》所录的有黑鹳、白琵鹭、花脸鸭、灰鹤、白头鹤、丹顶鹤、白鹳、蓑羽鹤、大鸨、遗鸥以及隼形目和鸮形目的一些种类，共48种。内蒙古湿地鸟类也颇具珍稀性。内蒙古鄂尔多斯国家级自然保护区的遗鸥繁殖种群数量占已知世界遗鸥种群数量的40％，数量7343只。全国鹤类有9种，内蒙古分布有6种。大鸨在我区东北部的内蒙古图牧吉国家级自然保护区栖息的约有400只。天鹅在我国有3种，在内蒙古的大多数湿地中有分布，其中大天鹅分布数量最多有3428只。内蒙古湿地有鹳类2种，白鹳和黑鹳，特别是濒危物种白鹳，在1999年9月在图牧吉发现19只。其他游禽类和涉禽类的数量也相当可观。1987年3月，在乌梁素海边缘的不足15公顷的水域中就有白骨顶6000只、赤嘴潜鸭300只、绿头鸭近500只、普通秋沙鸭约100只、赤膀鸭20只，另外还有多数的风头PITI和红嘴鸥。可见，内蒙古湿地是我国鸟类迁徙的主要停歇地和繁殖地。

2、两栖类及爬行类动物资源，湿地两栖类有9种，爬行类有20种，均为“完全依赖湿地”的野生动物。其中两栖类主要有极北小鲵、中华蟾蜍、花背蟾蜍、无斑雨蛙、黑龙江林蛙、黑斑蛙、中国林蛙等；爬行类主要有鳖、荒漠沙蜥、变色沙蜥、五斑沙蜥、荒漠麻蜥、胎生麻蜥、北草蜥、丽斑麻蜥、白条锦蛇、红点锦蛇、虎斑游蛇、短尾蝮等。

3、兽类资源，典型湿地兽类有水獭和麝鼠。但有些兽类的生活习性与湿地的关系也较密切，根据兽类取食或食物链分析，内蒙古共有湿地兽类14种。主要有麝鼠、黑线仓鼠、东方田鼠、莫氏田鼠、布氏田鼠、狼、赤狐、沙狐、黄鼬、狗獾、水獭、狍等。其中麝鼠、赤狐、沙狐、黄鼬、狗獾、水獭、狍等为主要经济兽类。

4、鱼类，内蒙古湿地中分布的鱼类有90种，隶属于8目13科。以鲤科鱼类为主，有63种，其次是鳅科，10种。受地理条件和水域环境等因素影响，额尔古纳河及嫩江流域的鱼类，呈现出南北交界，区系比较复杂的特点，而内蒙古高原的鱼类，又呈现出起源古老，区系比较简单的特点。其区系划分，有北极淡水复合体的江鳕、白鲑；北方山麓复合体的细鳞、哲罗；北方平原复合体的狗鱼、银鲫、雅罗鱼；中国平原复合体的草鱼、鲢鱼、鲌等；印度平原复合体的乌鳢等；第三纪早期复合体的鲤、鲫等。从主要生活水域和洄游习性来看，内蒙古鱼类大体分为3个类型。一是在江河、湖泊之间洄游的鱼类，称为半洄游性鱼类，该鱼类主要分布额尔古纳河、嫩江和两岸的湖泊内，如青鱼、草鱼、鲢鱼等。二是在湖泊中生长和繁殖的鱼类，不作有规律的洄游活动，称为定居性鱼类，呼伦湖、达里诺尔、黄旗海、岱海、查干湖、乌梁素海等鱼类都属这类型，如鲤、鲫、鲂、鲌、鲶科等。三是河流、山溪定居性鱼类，如细鳞鱼、哲罗鱼、茴鱼、狗鱼、东北黑鳍鳈等。全区主要经济鱼类有鲤鱼、鲫鱼、青鱼、草鱼、鲢鱼、雅罗鱼、细鳞鱼、哲罗鱼、鲶鱼等30余种。这些鱼类大多分布较广，产量较高，经济价值大，在渔业生产中占有重要的位置。