由于人为干扰因素的不断增加，目前阅海国家湿地公园的湿地生态功能已呈现退化趋势，湿地原生植被-芦苇、蒲草每年以10-12%速率消减，核心区栖息的鸟类数量也在减少。最近，阅海实业集团公司和阅海湿地保护管理站结合深入贯彻落实科学发展观，积极开展湿地鸟类核心区的保护工作。
       为切实保护阅海国家湿地公园芦苇、蒲草平稳拔节、生长，保护湿地水禽筑巢、育雏与栖息，阅海国家湿地公园专门划定了核心严管区，并对进出核心严管区的十条水道进行封闭，设定封育牌警示。阅海国家湿地公园还作出了以下规定：一是核心严管区内严禁各类游船（包括电瓶船、脚踏船）进入；二是核心严管区内严禁各种垂钓、捕捞、观鸟等经营活动；三是对燕鸥栖息岛严禁垂钓、严禁游客进入；四是严禁采打湖面芦苇和叶片，严禁破坏湿地水生植物。
       阅海国家湿地公园在做好巡护检查和加大处罚的基础上，还将积极开展阅海湿地破碎、漂浮芦苇墩的抢救与保护的研究和相关工作。