哈巴湖国家级自然保护区湿地主要划分为四类（河流、湖泊、沼泽、人工）5型（季节性河流、季节性咸水湖、内陆盐沼、季节性咸水沼泽、库塘）。湿地面积10720.88 公顷，占保护区总面积的12.76％，其中河流湿地201.99公顷，湖泊湿地3124.29公顷，沼泽湿地7224.60公顷，人工湿地170公顷。主要有花马湖湿地、哈巴湖湿地、铁柱泉湿地、苟池西畔湿地、八字洼硝池滩湿地、二道湖湿地等。