在气候变化和人类活动的双重作用下，内蒙古多数湖泊水位持续下降、湖泊面积和蓄水量不断减少，有的湖泊甚至干涸。一些湖泊水藻暴发、水体缺氧，多数湖泊水质为V类或劣V类，水体富营养化严重。对湖泊资源的不合理开发利用，破坏了湖泊生态系统平衡，导致湖泊生物多样性锐减，严重威胁着周边地区生态安全。内蒙古湖泊目前多数由渔场管理，由于职能所限对调节流域径流量和出湖径流量无能为力，更无法控制流域的营养物质输入和径流区的植被保护和繁育，湖泊管理体系与维系湖泊生态系统平衡和可持续发展不相适应。

    民建内蒙古自治区委建议，按照水生态系统健康发展的要求，确定不同时期的水环境质量标准和湖泊纳污能力，合理规划流域用水，加强湖泊动态监测与管理，建立和完善湖泊档案；加强面源污染防治，筛选适合于主要湖泊流域土壤和气候条件的高效脱氮除磷经济作物，减少面源营养流失；开展富营养化水体植物修复机理研究；选择1－2个专业性高度相关的湖泊管理部门，重点负责湖泊及其流域的治理和管理；提高湖泊流域水资源管理体制效率，形成系统化和高效的湖泊流域水资源管理体系；加大重点环境治理保护项目投资力度，设立湖泊治理专项资金；中央及地方政府应加大对社会水循环中基础设施的公共投入，鼓励社会资本进入湖泊流域水污染治理，提高污水处理设施的运行效率。同时，制定合理的水价与污水处理费，为社会水循环的基础设施建设融资。