2008年5月20日，自治区财政厅下发“关于下达2007年湿地保护工程国债专项资金基建支出预算的通知”（新财建[2008]126号），将新疆孔雀河流域湿地保护与恢复项目210万、新疆艾比湖湿地保护建设项目184万、新疆科克苏湿地保护与恢复建设项目200万等三个湿地项目部分国家投资下拨到巴州、博州、阿勒泰地区财政局。

2006年全国湿地保护工程正式启动。两年来，根据国务院批准的《全国湿地保护实施规划》（2005—2010），向国家林业局上报了天池、艾比湖、巴里坤湖湿地等十余个自然保护区湿地保护、恢复等项目。2006、2007年国家林业局批准了天池、艾比湖、巴里坤湖湿地等8个湿地保护区建设项目、湿地保护与恢复项目，批准资金额达8143万。