截止2015年3月，东洞庭湖国家级自然保护区共记录到鸟类18目64科342种（2013年338种），其中国家一级保护鸟类7种，二级保护鸟类44种。

    2014-2015越冬期内，保护区通过越冬初、中和后期3次调查，记录到在东洞庭湖栖息的水鸟，最高记录为6目13科60种132813只，其中国家一级保护鸟类（东方白鹳、黑鹳、中华秋沙鸭、白鹤、白头鹤）5种33只，二级保护鸟类（卷羽鹈鹕、小天鹅、白额雁、鸳鸯、白琵鹭、灰鹤）6种8697只。本年度监测显示，洞庭湖区域约有78.06%的越冬水鸟集中在东洞庭湖栖息（2015.1）。

    2013-2015年度，保护区监测到4种新记录鸟类，分别是黄头鹡鸰(Motacilla citreola，2014.3，张鸿)、北灰鹟（Muscicapa dauurica，2014.6，刘向葵）、卷羽鹈鹕（Pelecanus crispus，2014.11，姚毅）和黄臀鹎（Pycnonotus xanthorrhous，2015.3，张鸿）