自然滩涂是上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区内最重要的自然资源，保护区内各个区域的滩涂如何变化，这些变化对于互花米草生态治理工程及保护区其他区域会产生怎样的影响，了解这些影响对于工程的成功和保护区的管理有着至关重要的作用。因此保护区在工程实施之前就联合华东师范大学、海洋大学和复旦大学申请了《东滩湿地演变对生态治理工程的响应与生态修复技术集成示范》这一科委项目。主要目标是通过构建以三维激光地物扫描系统（TLS）、地貌动态监测系统（ARGUS）为核心技术的遥感—地面一体化崇明东滩监测系统，对比研究保护区生态治理工程前后的地貌、生物多样性（植被、鸟类及鸟类饵料生物）的特征及变化，从而揭示自然滩涂对生态修复工程的响应。

    前期研究结果显示，生态修复项目所在的北部滩涂其地貌及生物多样性都发生了较显著的变化，而生态修复项目南部的自然滩涂则相对稳定。在项目中期交流会上，华师大专家及保护区一致决定在完成科委项目既定任务的基础上，共同努力克服经费及工作量大的困难，增加对滩涂冲淤变化监测的频次，以便更好的揭示自然滩涂对修复工程的响应。

    春节假期刚结束，保护区工作人员在巡查过程中发现生态修复项目新建水闸外的潮沟有发育迹象，随后立即联系了华东师范大学河口海岸研究所的科研人员，在科委项目监测任务的基础上，对大项目关键位点进行了又一次的滩涂变化监测，为科研项目服务的同时，也为今后水闸运行管理积累数据。