鄱阳湖生态平衡与生态系统健康是其生物多样性的基本保证，如何维持鄱阳湖生态平衡、维护鄱阳湖生态系统健康，为湖区经济社会持续发展提供保障？既与自然环境的变化有关，也与人类活动的影响相干，是一系列极为复杂，但必须弄清的科学问题。在生态平衡遭到破坏，生态系统健康受到干扰的情况下，需通过适当的技术措施，对其进行合理的调控，以提高鄱阳湖生态系统的自我调节与恢复能力。况且鄱阳湖生态系统，其本质是鄱阳湖湿地生态系统，而湿地生态系统的结构与功能主要受制于其水文过程与水环境条件。这些问题的解决与措施的实行，均需要通过与水有关的专门机构的监测与研究。但就鄱阳湖水文局目前的专业设置、业务范围、站网分布、人员结构等方面的现有条件，难以满足对鄱阳湖水文水生态进行多学科的深入研究、为建设绿色生态江西、实现社会经济可持续发展提供更有力的科技支撑的需求。为此，建议设立鄱阳湖水文水生态研究机构（院或所），承担上述工作任务。