近年来，石羊河国家湿地公园管理局以直接服务于管理为目标，立足管理需求积极实施各类监测项目，选择和确定科学的监测方法和指标，对石羊河湿地鸟类、水质、疫源疫病、土壤、植被、气象等进行长期监测，编制年度湿地资源监测报告，揭示湿地资源本底情况，为湿地水鸟及其栖息地的保护提供重要的基础数据，为今后进一步加强湿地资源提供科学的决策依据。

点状覆盖在蔡旗断面、下案、水库设立3个小型气象监测站，对湿地区域风速、风向、温湿度、雨量及土壤温湿度等物候气象数据常年进行收集分析。

在石羊河沿线和红崖山水库分区段设立7个水质监测点，提取水样对石羊河水质盐分电导率、水质溶氧量、水质PH、水质浊度等进行监测分析，重点监测红崖山水库周边湿地环境。

以点带面设立4座瞭望塔，对湿地面积变化、退化状况及和周边社区相互作用等要素进行宏观动态变化监测。

随机抽样设立15个植被监测样方，对湿地植被变化状况开展常年调查，研究分析社区群众生产等频繁的人类活动对湿地生态系统的干扰和影响。

定期组织开展包括迁徙水鸟种类、种群、分布和重点繁殖水鸟种群数量变化等调查，掌握石羊河湿地尤其是红崖山库区鸟类分布和种群数量及其动态变化状况。