在学术界，生态补偿存在广义和狭义之分。广义的生态补偿将环境污染治理、资源有偿使用、生态工程建设统统纳入生态补偿范畴，立足于对生态系统的补偿；狭义的生态补偿主要是对生态保护中保护者所付出经济社会成本的一种补偿。目前，国内外已有不少生态补偿的理论研究与实践探索，对生态补偿以及生态补偿机制的基本概念、基本原理、运行机制、方法途径、政策法规等都有了比较深入和系统的阐述。

       我国“十一五”规划纲要将国土空间划分为优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发4类主体功能区，为研究和实施生态补偿机制创建了很好的基础平台。在实践中，国家和地方层面已有很多有益的探索。

       1999年启动的退耕还林及后来实施的退牧还草工程的粮食补助，实际上就是生态补偿的初步实践。2004年建立的中央财政森林生态效益补偿基金制度，标志着我国生态补偿机制的正式启动，2007年又完善了管理办法，并规定森林生态效益补偿资金主要用于生态管护人工和防火治虫等生态建设与保护工作，当年安排补偿基金超过30亿元。目前，中央森林生态效益补偿标准和基金总量还在不断提高。

       各省（区、市）在森林生态效益补偿标准上也有所动作。北京市2004年作出了建立山区生态林补偿机制的决定，市和区（县）财政以8∶2比例每年拿出2.2亿元按每亩21元标准管护生态林，平均每个管护人员每月600元管护收入，实现了北京生态林的全面有效管护。2009年，北京市又进一步提出，市和区（县）财政拟以5∶5比例每年再增加4亿元，按每亩每年40元标准补助生态林主。目前，北京市已逐步形成较为规范和完善的森林生态补偿制度体系。广东、湖南等20多个省（区、市）和一些地方也开始建立森林生态补偿基金，一些区域间、流域内因生态补偿开展的区域合作也在探索之中。

       但是，纵观我国生态补偿的理论研究和实践探索，与党的十七大提出的加强生态文明建设、推动区域协调发展的要求相比，与我国经济社会可持续发展的迫切需要相比，与生态保护区人民群众的现实要求相比，与社会主义市场经济基本原则要求相比，还存在不少理论和实际问题。这些问题直接影响到我国生态补偿机制的科学建立、完善和有效实施，主要体现在以下几个方面：

       1.以生态服务价值作生态补偿标准

       关于生态补偿标准，一些研究者认为，就是补偿生态系统服务功能如保持水土、涵养水源、吸碳放氧的经济价值。通过一系列的分析测算，研究生态系统服务功能的经济价值量，以此来确定生态补偿的标准和总量。这种思路由于生态系统服务价值化方法不科学、不成熟，很难科学确定生态系统服务功能的经济价值。它的根本症结在于，没有准确找到生态补偿的本质特征。

       生态补偿的本质应当是对生态保护区因保护生态系统及其功能而造成人的经济社会发展机会损失进行补偿，是通过解决人的公平发展问题来解决生态保护问题的一种机制和方法。因此，生态补偿测算的依据和标准应当是生态保护区“经济人”的经济发展机会成本，而不是生态系统本身的功能服务价值。很多学者走入误区始终不得其解。如果以生态系统功能服务价值来计算生态补偿标准，就混淆了生态系统本身的生态服务价值量和保护生态系统者利益损失价值量这两个概念。

       此外，以生态保护区生态服务价值（假如能够科学地计算的话）作为补偿依据进行补偿，在法理上也会因生态系统的基础载体——土地所有权归国家所有，因生态产品系非商品化的公共产品而不能成立，在实践中也不会得到提供补偿者的认同。因为生态系统服务功能十分广泛，其理论价值量往往是天文数字，不是现实财力可及，如四川省森林生态价值每年就达14061.72亿元。

       2.把生态建设与生态补偿混淆

       我国实施的生态建设工程主要目的是建设和保护自然生态系统，所有的投入是工程的建设经费，是工程建设和实施过程中必须花费的成本。这些生态工程的出发点和落脚点都不是对生态保护区人民经济社会发展机会受限、受损所付出经济代价的弥补。我们的自然生态已不同程度地遭受了破坏，要保证经济高速增长需要的生态容量还远远不够，加强生态建设十分必要，但如果把生态建设投入等同或者代替生态补偿就等于没有补偿。这样的思考对生态保护区来说既是不公平的，也是不道德的，是对他们生存权和发展权的忽视和蔑视。

       3.把资源有偿使用和污染治理与生态补偿混淆

       资源有偿使用是指单位或个人在开发矿产、天然气、水电等自然资源时，国家以税收、资源费等形式对开发主体收取的费用，是在自然资源日益紧缺的情况下，本着节约利用资源而建立的一种管理和调节制度，是自然资源价值在法律上的体现和确定，结果是各级财政以税和非税形式纳入财政，理论上可作为生态补偿资金来源，但制度本身并不是生态补偿，两者是有联系的两回事。环境治理收费的目的是治理已经或者正在遭到污染的环境，与生态补偿更不沾边。

       4.生态保护区依赖生态补偿

       关于生态补偿，有一种静态的认识，认为生态保护区为全局作出了巨大的贡献，其经济社会发展理应完全依靠国家或受益地区支付生态补偿。生态功能区依靠生态补偿来支撑经济社会发展的这种认识既不符合我国的国情，也不符合生态保护区的具体实际。生态补偿是为了建立生态保护利益相关者之间的利益调节机制，为可持续发展进行制度建设。虽是经济补偿，但不可能是简单的填平补缺，也不是扶贫和对口支援，不可能依靠生态补偿来解决生态保护区经济社会发展的全部问题。生态保护区必须是一手抓生态保护，一手抓经济社会发展。事实上，就我国的财力而言，生态补偿在相当长一段时间内只能是一种补助，还达不到全部意义上的补偿。同时，生态保护区生态经济发展潜力也很大，自我发展既很重要也很必要。四川九寨沟旅游经济的发展就是一个典型。

       这些生态补偿机制的理论研究和实践中较为共性的问题，严重阻碍和误导了我国生态补偿机制的建立和完善，使有关部门难以决策，必须在理论认识和思想方法上理清。需要指出的是，这里研究的生态补偿所涉及的“生态”，主要是指陆地生态系统中的森林、湿地、草原等自然生态系统。就目前而言，这些自然生态系统服务功能与经济社会可持续发展关联度最高、最直接、最重要。生态补偿机制按森林、湿地和草原3个不同生态类型分别进行建立和完善，逐步形成一套完整的制度体系，是“大生态补偿”。