2006年，国务院批准实施全国湿地保护工程。两年来，国家已审批湿地项目近200个，安排中央投资5亿元，实施项目近100个，其中审批林业项目近160个，安排中央投资3.26亿元，实施项目70个，涵盖了湿地保护、恢复、可持续利用示范、能力建设四大类型，覆盖了26个省、自治区、直辖市。在国家项目的示范带动下，全国已有1700多万公顷、47%的自然湿地纳入了470多处自然保护区得到有效保护；建立了18处国家湿地公园，面积27万公顷；一批退化湿地的生态功能正在恢复之中；湿地可持续利用的示范模式正在形成。

    全国湿地重点工程实施两年来，在一些地方已经取得了明显成效。如：通过实施青海三江源生态保护工程，使青海三江源的河流、高原、湖泊、沼泽等类型湿地得到较好保护，水源涵养能力增强，生态状况改善。通过平垸行洪、退田还湖，鄱阳湖、洞庭湖及长江干流行蓄洪水面积增加29万公顷，增加蓄洪容积约130亿立方米；湖南省在洞庭湖区域扩大湿地8万公顷，增强了洞庭湖蓄洪调洪的生态功能；江西省还江还湖15万公顷，使鄱阳湖面积基本恢复到1954年水平，蓄洪能力由原来的298亿立方米增加到359亿立方米。2005、2006两年，湖北省投入专项资金，推动解决了洪湖湿地36万亩围网拆除、安置渔民和富余职工安置问题，使洪湖的水质得到了改善。黑龙江省从2002年开始，连续6年累计为扎龙湿地补水达7亿立方米，使扎龙湿地的生态功能得到恢复和加强，湿地鸟类有了恢复性增长。