鸟类监测一直是保护区的一项重要工作，保护区每年都会组织工作人员对保护区范围内的水鸟进行长期的跟踪监测。鸟类跟踪监测的路线主要有三条：1、红树林科研宣教中心往东→圩尾高潮位栖息地→崎尾白骨壤林→出海口；2、红树林科研宣教中心往西→红树林观鸟屋→高速桥下→南北江水闸→船场码头；3、从竹塔码头坐船进行海上监测，到达大洲岛下船再继续在岛上进行监测。

虽然现在不是鸟类的迁徙期，但保护区优美的环境还是吸引了大量的水鸟。9月10日，保护区工作人员在海上巡逻过程中还是发现了白鹭、池鹭、苍鹭、斑嘴鸭、青脚鹬、白腰杓鹬等等。