石羊河湿地公园是石羊河流入民勤盆地后，唯一由河流湿地、沼泽湿地、人工湿地形成的复合湿地生态系统，处于民勤盆地的核心区域和国际上中亚和东亚—澳大利亚二条鸟类迁徙线路之上，保存着县境内较为完整的植被群落,为鸟类重要的栖息地和迁徙线路上重要的停歇地，具有重要的生态保护价值。

民勤境内石羊河段和红崖山水库南端属于保育区和恢复重建区，对整段（区）进行原生态保护，对现有的资源做最大化的现状保留。遵照《甘肃石羊河国家湿地公园总体规划》，改造巡护道路，设置各类机械和高标准防护围栏，设立防火瞭望塔，安设界碑、界桩，在外围缓冲区营造生态植物护岸带和外围生物隔离带，人工模拟飞播恢复植被，外围新植胡杨林生态隔离区等方式开展生态保护，挖掘河道（库区）水体、两岸植被资源，发挥湿地保育生态功能。采用自然恢复和人工修复相结合的模式，在红崖山水库较大规模的恢复库塘及沼泽湿地，保护水源地，增加蓄水量。聘用当地村民实施全方位巡护管理，最大限度减少周边社区对湿地原生态保护的影响。

石羊河湿地保护和利用突出公益性、共享性，最大限度体现公众利益。在蔡旗桥节点宣教展示区内建成生态科普广场和净水演示系统，为公众体验湿地、认知湿地提供平台。规划建设木栈道、亲水平台，配套建设服务设施，让自然湿地扮靓石羊河两岸，为公众提供生态休闲空间。规划建设湿地文化廊道，让游人望得到山，看得见水，记得住石羊河点点滴滴的乡愁。充分发挥石羊河国家级湿地公园的纽带作用，大规模营造胡杨生态林，绿化美化乡村道路，改善周边生态环境，推动地方旅游发展。聘用当地村民参与湿地公园保护与管理，带动周边农民脱贫致富。

运用科学方法指导保护实践，实现科学修复和规范管理。自2013年以来，与兰州大学、西北师范大学等科研单位合作，启动实施“民勤石羊河国家湿地公园荒漠湿地资源保护与湿地生态恢复技术研究”、“民勤石羊河湿地公园鸟类多样性调查”和“石羊河下游干旱湿地区退化胡杨林保护与恢复技术研究”等科技项目，分不同植被类型设置植被监测样方，合理布设水质监测点，设置小型自动气象观测站，开展鸟类调查和植物本底调查，采集动植物标本，环志放飞水鸟，对湿地公园湿地植被类型、动物资源、水质状况和气象情况开展长期对比性调查研究和常态性科研监测，形成科研分析报告，为科学保护和修复提供依据和指导。

保护与修复的成效，在试点建设、基地创建、水鸟保护等方面得以充分体现。在具备国家湿地公园全部创建要件后，石羊河湿地公园于2017年成功晋级为正式的国家湿地公园，并成为全国首批26家“互联网+全民义务植树基地”之一。石羊河湿地成为大天鹅的越冬地和大白鹭、斑头雁等水禽的栖息地，表明保护的成效已经显现。在2014年12月的监测中，首次在湿地公园内监测到1000多只候鸟栖息越冬，监测记录大天鹅96只，其中包括编号为1T37和1T46环志大天鹅，是石羊河湿地公园批复试点建设以来首次发现有环志的大天鹅在湿地公园内越冬。在之后历年的鸟类迁徙期监测中，共记录到鸟类40多种，水鸟6万多只，其中大天鹅种群每年均在100—200只规模之间。历年监测均发现国家Ⅰ级保护动物黑鹳、白尾海雕，Ⅱ级保护动物白琵鹭、灰鹤等石羊河湿地鸟类新记录种。