鄱阳湖水生植物有数十种，在保持和净化鄱阳湖水质、为鱼类等水动物提供饵料、为越冬水鸟提供食等方面发挥着重要的作用。其中苦草、黑藻、菱、菹草、莕菜等十余个种类，是鄱阳湖水域的主要水生植物，不仅分布范围广，而且生物量大，其中的苦草由于是白鹤等越冬水鸟在鄱阳湖越冬期的主要食物，所以也更受关注。湖区另一种受人关注的水生植物是马来眼子菜，这种植物是沉水的，但其茎叶往往能延伸至水面，有的长达10余米，不仅生物量大，而且对水质的净化作用强大，但自1998年特大洪水后这一物种在湖区的分布已大大减少。

进入春季以后由于干旱，大量水生植物分布的湖底缺水暴露在外，水生植物没有生长所需的环境，直到6月份以后大量的湖底滩地才被水淹没，6月下旬在对大湖池、沙湖等处进行植物调查时发现苦草、黑藻等已在湖中生长，其中沙湖的苦草已长达1米左右，由于近期水位适宜，大量水生植物生长良好，但植物的花果期普遍推后，以往进入6月份以后大量水生植物已进入开花季节，但今年在湖中没见到这一现象，仔细观察，苦草、莕菜、菱等花苞才刚刚出现，到盛花期预计还需近20天的时间。

根据以往的经验，冬季如果湖底经过暴晒，有利于苦草等水生植物的生长，今年直到春末湖底都暴露在外，虽延迟了苦草等水生植物的生长时间，但生长区域得到了较长时间的暴晒，对苦草的后期生长是有利的，同时今年由于湖内鱼类等数量明显下降，水生动物对水生植物的影响相对要小，有利于苦草的有效生物量积累。